La Cour des Comptes de Djibouti s'engage activement dans des initiatives de coopération internationale visant à renforcer ses capacités et à promouvoir la bonne gouvernance. Elle a récemment renforcé sa présence sur la scène internationale grâce à plusieurs initiatives majeures :​ 

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• En novembre 2024, lors de la 10ᵉ Assemblée générale du Conseil Régional de Formation des Institutions Supérieures de Contrôle des Finances Publiques d’Afrique Francophone Subsaharienne (CREFIAF), la Cour des Comptes de Djibouti a été élue à la présidence de cette organisation. La Première présidente, Mme Ismahan Mahamoud Ibrahim, a succédé à M. Jimmy Muganga de la République Démocratique du Congo. Cette élection souligne l'engagement de Djibouti en faveur de la bonne gouvernance et du renforcement des capacités des institutions de contrôle en Afrique francophone subsaharienne. ​

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• Le 8 octobre 2024, la Cour des Comptes de Djibouti a été élue au conseil d'administration de Jurisai, une organisation internationale regroupant des institutions supérieures de contrôle juridictionnelles. Cette nomination reflète la reconnaissance de l'expertise de Djibouti dans le domaine du contrôle des finances publiques. ​

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• Le 9 août 2024, une convention de coopération a été signée entre la Cour des Comptes de Djibouti et celle du Sénégal.Cet accord vise à renforcer les échanges d'expertise et à promouvoir des pratiques communes en matière de contrôle des finances publiques. Un mécanisme de suivi a été mis en place pour assurer l'efficacité de cette collaboration.

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• Le 10 avril 2025, lors de la 10ᵉ Assemblée générale de l'Association des Institutions Supérieures de Contrôle ayant en Commun l'Usage du Français (AISCCUF), la Cour des Comptes de Djibouti a été élue à la présidence pour la période 2025-2028. Cette nomination marque une étape importante dans le rayonnement international de l'institution djiboutienne.

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La Cour des Comptes de Djibouti est également membre actif de plusieurs organisations internationales, telles que l'INTOSAI, l'AFROSAI et l'ARABOSAI. Ces affiliations permettent à l'institution de participer à l'élaboration de normes internationales et de partager les meilleures pratiques en matière de contrôle des finances publiques.

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Ces initiatives témoignent de la volonté de la Cour des Comptes de Djibouti de s'impliquer activement dans la promotion de la transparence, de la responsabilité et de la bonne gouvernance à l'échelle régionale et internationale.​