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La cour des comptes a pour missions principales le contrôle, le conseil et l'information, contribuant ainsi à la sauvegarde du patrimoine public, à la transparence et à la sincérité des finances publiques, ainsi qu'à l'amélioration des méthodes de gestion des affaires publiques. 

Dans le cadre de sa mission de contrôle, la Cour exerce un pouvoir juridictionnel en jugeant les comptes des comptables publics. Elle vérifie l'exactitude matérielle des opérations de recettes et de dépenses qui sont décrites dans les comptes qui lui sont soumis ainsi que leurs conformités aux règles comptables en vi-gueur. La Cour des Comptes juge également les comptes que lui rendent les personnes qu'elle a déclaré comptables de fait. Elle apure les comptes des comptables de fait et des comptables patents. La Cour peut inflige une amende, en cas de gestion de fait, ou lorsque les justiciables ne respectent pas l'obligation de reddition des comptes, ou à ses demandes d'informations.

Elle effectue également des contrôles non juridictionnels pour vérifier la bonne utilisation des ressources publiques et évaluer la performance des organismes soumis à son contrôle. 

En matière de conseil, la Cour assiste le Parlement et le gouvernement dans l'exécution des lois de finances et contribue à l'évaluation des politiques et programmes publics. ​Elle apprécie la qualité de la gestion notamment par des audits de performance. La Cour est tenue d'apprécier les conditions d'utilisations et de gestion des ressources, des moyens matériels et fonds publics.

Elle assure la vérification des comptes et contrôle la gestion de l'administration centrale, des services déconcentrés de l'Etat, des établissements et entreprises publiques, des collectivités locales et de toute autre organisme fonctionnant sur ressources publiques ou bénéficiant du concours financier de la puissance publique ou de ses dé-membrements. 

La Cour contribue également à l'évaluation des politiques et des programmes publics.

Elle formule des recommandations visant à améliorer la gestion des finances publiques et à promouvoir les principes de bonne gouvernance.

Enfin, la Cour des Comptes a une mission d'information. Elle établit un rapport général annuel reprenant les principales observations issues de ses contrôles et les mesures préconisées pour remédier aux dysfonctionnements constatés. Ce rapport est transmis au Président de la République et au Président de l'Assemblée Nationale, et contribue à renforcer la reddition des comptes et la transparence financière.

 

La Cour des comptes de Djibouti, en tant qu'institution supérieure de contrôle des finances publiques, s'appuie sur des valeurs fondamentales pour assurer l'intégrité et l'efficacité de ses missions. Parmi ces valeurs, on distingue principalement :​

La Cour bénéficie d'une autonomie de gestion et d'une indépendance essentielles pour garantir l'objectivité, la neutralité et l'efficacité de ses travaux. Cette indépendance est cruciale pour maintenir la confiance du public dans ses actions. ​

Les magistrats de la Cour sont sélectionnés pour leur expertise et leur professionnalisme, assurant ainsi la qualité et la rigueur des contrôles effectués. ​

 

La Cour s'engage à maintenir une objectivité et une impartialité rigoureuses dans toutes ses interactions, afin de bâtir la confiance et d'assurer l'intégrité de ses actions. ​

Ces valeurs guident la Cour des comptes de Djibouti dans l'accomplissement de ses missions de contrôle, de conseil et d'information, contribuant ainsi à la sauvegarde du patrimoine public et à la transparence des finances publiques. ​

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